در فهرست حاضر به معرفی 700 نسخه، دربردارنده 2212 رساله از رساله‌های علوم عقلی اسلامی پرداخته‌ایم؛ تصاویر این نسخه‌ها در کتابخانه تخصصی مرکز پژوهشی دائرة‌المعارف علوم عقلی اسلامی موجود است و اصل آنها در بیش از صد مرکز نگهداری نسخ خطی در داخل وخارج از کشور محفوظ است.

ازآنجا که در مقدمه جلد نخست این اثر، به‌تفصیل درباره ساختار و مزیت‌های این فهرست سخن گفته‌ایم. در اینجا تنها به این نکته بسنده می‌کنیم که در این جلد در کنار آدرس‌دهی نسخه‌ها به مجموعه دوازده جلدی دنا (دست‌نوشت‌های ایران)، آدرس نسخه‌ها را از مجموعه سترگ فنخا (فهرستگان نسخه‌های خطی ایران) نیز آورده‌ایم.

 برخی از نسخه‌های این مجموعه ویژگی‌های ممتاز و ارزشمندی از نظر نادر بودن در ایران، کتابت به دست مؤلف، تاریخ کتابت یا تألیف به دست اَعلام علوم عقلی اسلامی دارند که در ادامه به این نسخه‌ها اشاره می‌کنیم.

1. نسخه‌های نادر در ایران

· ابن‌ابی‌دنیا، عبدالله بن محمد (۲۰۸-281): حسن الظن بالله عزّوجلّ (نسخه 1058)

· محمد بن عبدالله ابن‌ابی‌زمنین (۳۲۴-399): أصول السنة (نسخه 1229)

· ابن‌سینا (370-428): النکت و الفوائد (نسخه 1525)

· احمد بن حسین بیهقی (384-458): إثبات القدر (نسخه ۱۰۳۶)

· ابن‌برّجان، عبدالسلام بن عبدالرحمان (ف. ۵۳۶؟): تفسیر ابن‌برجان: تنبیه الأفهام إلی تدبّر الکتاب الحکیم و تعرف الآیات و النبأ العظیم (نسخه‌های 1087 و 1381)

· احمد بن عبدالصمد خزرجی (۵۱۹-۵۸۲): مقامع هامات الصلبان و مراتع روضات الایمان (نسخه 1678)

· سیف‌الدین علی بن محمد آمدی (551-631): دقایق الحقایق (نسخه 1211)

· همو: کشف التمویهات فی شرح التنبیهات (نسخه 1251)

· عضدالدین عبدالرحمان بن احمد ایجی (756): تحقیق التفسیر فی تکثیر التنویر (نسخه 1469)

· عبدالحمید بن عبدالرحمان آنقروی (زنده در 763): منیة الواعظین و غنیة المتّعظین (نسخه 1/1250)

· محمد بن عبدالله بن خطیب (713-776): روضة التعریف بالحبّ الشریف (نسخه 1010)

· محمد بن محمد بابرتی (۷۱۴-۷۸۶): شرح تجرید الاعتقاد (نسخه 1586)

· علی بن مجدالدین بسطامی (زنده در 886): الشفاء فی تفسیر کلام الله المنزل من السماء (نسخه 1547)

· شیخ عبدالله الهی (ف. 896): مسلک الطالبین (نسخه 2/1140)

2. نسخه‌های مکتوب به دست مؤلف

· المطالب العلیة، تألیف و مکتوب به خط محمدجان تبریزی در 909 (نسخه 1/1376)

· تفسیر آیة الکرسی، تألیف و مکتوب به خط محمدجان تبریزی در 909 (نسخه 2/1376)

· تنزیه الکون عن اعتقاد إسلام فرعون، تألیف و مکتوب به خط زین‌العابدین محمد بن محمد غمری در قرن 10 (نسخه 1040)

· زبدة النصایح، تألیف و مکتوب به خط عثمان بن مصطفی در بیست و ششم رمضان ۱۰۵۹ (نسخه 1576)

· حاشیة الشفاء، تألیف و مکتوب به خط محمد یوسف اولیاء، قرن 11 (نسخه 1099)

· صبّ العذاب علی من سبّ الأصحاب، تألیف و مکتوب به خط محمود بن عبدالله آلوسی در 1204 (نسخه 1170)

· مجمع الکنوز فی شرح حاشیة ملاعبدالله، تألیف و مکتوب به خط محمدحسین قزوینی در چهاردهم شوال 1241 (نسخه 1473)

· الشهاب المبین فی الرد علی إمام المشککین، تألیف و مکتوب به خط محمدباقر بن محمدعلی علوی سبزواری، مکتوب در ۱۳۰۶ (نسخه 1355)

3. نسخه‌های با تاریخ کتابت خاص

· إثبات القدر: احمد بن حسین بیهقی (384-458)، مکتوب در سه‌شنبه چهاردهم صفر 566 به خط مسعود بن ابی‌سعید الدبیلی (نسخه ۱۰۳۶)

· شرح کاشف الغمة فی اعتقاد أهل السنة: هبة‌الله بن حسن لالکائی (ف.418)، مکتوب در 582 (نسخه 1/1554)

· کرامات الأولیاء: هبة‌الله بن حسن لالکائی (ف.418)، مکتوب در شنبه سوم ربیع‌الثانی 588 (نسخه 2/1554)

· نهایة العقول: فخر رازی (544-606)، مکتوب در دهم شعبان 595 (نسخه 1254)

· العثمانیة: عمرو بن عثمان جاحظ (150-255)، مکتوب در قرن 6 (نسخه 1029)

· اخلاق ناصری: نصیرالدین محمد بن حسن طوسی (597-672)، مکتوب در دوازدهم صفر 666، به خط ابوجعفر علی بن محمد بن احمد مؤذن (نسخه 1307)

· مصباح العلوم فی معرفة الله تعالی: احمد بن حسن رصاص (ف.621)، مکتوب در 673 (نسخه 2/1119)

· الإشارة فی أصول الکلام: فخر رازی (544-606)، مکتوب در دوازدهم شوال 676 (نسخه 1683)

· زهرة الریاض و نزهة القلوب المراض: سلیمان بن داود سقسینی (ف. قرن 6)، مکتوب در قرن 7 (نسخه 1142)

· العلم و العمل: ابن‌کمونه (ف. 683)، مکتوب در اواخر قرن 7 (نسخه 1428)

· معارج القدس فی مدارج معرفة النفس و المضنون به علی غیر أهله و التحبیر فی علم التعبیر و بدایة الهدایة: ابوحامد غزالی (450-505)، مکتوب در جمادی الثانی 700 (نسخه 1672)

· الأصول العشرة: نجم‌الدین کبری (ف. 618)، مکتوب در دوازدهم شعبان 700 (نسخه 1154)

· النفائس فی هدم أدلّة الکنائس: ابن‌رفعه (ف.710)، مکتوب پیش از 710 (نسخه 1172)

· الرموز و الأمثال اللاهوتیة فی الأنوار المجرّدة الملکوتیة: محمد بن محمود شهرزوری (ف. قرن 7)، مکتوب در 711 (نسخه 1228)

· القواعد الجلیة فی شرح الرسالة الشمسیة: علامه حلی (648-726)، مکتوب در دوشنبه آخر جمادی‌الاول 718 (نسخه 2/1468)

· کشف التمویهات فی شرح التنبیهات: سیف‌الدین علی بن محمد آمدی (551-631) مکتوب در شام جمعه نهم جمادی‌الاول 719 (نسخه 1251)

· نهایة العقول فی درایة الأصول: فخر رازی (544-606)، مکتوب در ششم جمادی‌الثانی ۷۲۲ (نسخه 1685)

· أبکار الأفکار: سیف‌الدین علی بن محمد آمدی (551-631)، مکتوب در جمعه بیست و نهم صفر۷۵۴ (نسخه 1674)

· روضة المریدین و مقالات الصالحین: ابن‌یزدانیار (380-472)، مکتوب در ظهر بیست و هشتم رجب ۷۸۵ (نسخه 1644)

· المعارف فی شرح الصحائف الإلهیة: شمس‌الدین محمد بن اشرف حسینی سمرقندی (قرن 7)، مکتوب در 787 (نسخه 1673)

· المفصل فی شرح المحصل: کاتبی قزوینی (600-675)، مکتوب در اواخر رجب ۷۸۸ (نسخه 1583)

· الأنوار فی کشف الأسرار: روزبهان بقلی شیرازی (522؟-606؟)، مکتوب در آخر محرم 789 (نسخه 1/1417)

· مصباح الهدایة و مفتاح الکفایة: عزّالدین محمود بن علی کاشانی (665-735)، مکتوب در غره ربیع‌الثانی 789 (نسخه 2/1266)

4. مجموعه رساله‌های خاص از اَعلام علوم عقلی

· ابن‌سینا (ف.428): 7 رساله از نسخه 1268، 11 رساله از نسخه 1296، 7 رساله از نسخه 1424، 131 رساله از نسخه 1501، 30 رساله از نسخه 1502، 24 رساله از نسخه 1503، 37 رساله از نسخه 1504، 15 رساله از نسخه 1509، 20 رساله از نسخه 1510، 3 رساله از نسخه 1511، 12 رساله از نسخه 1520، 3 رساله از نسخه 1551، 4 رساله از نسخه 1552، 3 رساله از نسخه 1564، 10 رساله از نسخه 1568، 16 رساله از نسخه 1575 (313 رساله)

· ابوحامد غزالی (ف. 505): رساله‌های 4-1/ 1672 (4 رساله)

· معین‌الدین چشتی (ف.633): نسخه 1505 (18 رساله)

· ابن‌عربی (ف.638): نسخه 1508 (17 رساله)

· شاه نعمت‌الله ولی (ف. 834): نسخه 1611 (11 رساله)

· نظام‌الدین محمود داعی شیرازی (ف.869): نسخه 1535 (76 رساله)

· جلال‌الدین سیوطی (ف.911): 11 رساله از نسخه 1108 و 9 رساله از نسخه 1612 (20 رساله)

· شیخ احمد احسائی (ف.1241): 8 رساله از نسخه 1164، 3 رساله از نسخه 1545، 37 رساله از نسخه 1561، 19 رساله از نسخه 1562، 9 رساله از نسخه 1654 (76 رساله).