در اين فهرست، پانصد نسخه ( 1286 رساله از رساله‏هاي علوم عقلي اسلامي) معرفي شده است، كه اين تصاوير از بيش از صد مرکز نگهداري نسخ خطي داخل و خارج از کشور تهيه شده است. اين کتاب افزون بر ويژگي‌هاي ساختاري که در جلد نخست بدان اشاره شد، ويژگي‏هاي ممتاز و ارزشمند ديگري (از نظر محتوا) نيز دارد که در ادامه بدانها اشاره مي‏کنيم:

. نسخ نادر از نظر مؤلّف و ناموجود بودن در ايران

• ابوحنيفه، نعمان بن ثابت (80-150): وصايا أبي‌حنيفهْْ لإبنه حمّاد (نسخه 4/820).
• ابوالحسن خرقاني (352-425): شجره شيخ ابوالحسن خرقاني (نسخه4/570).
• ابن‏سينا (370-428): المبدء و المعاد (نسخه 78/815).
• همو: الهدايهْْ في الحكمهْْ (نسخه 1/985).
• سليمان بن ناصر انصاري (ف.512): شرح الإرشاد (نسخه 1000).
• ابن‌برجان، عبدالسلام بن عبدالرحمان (ف. ‎۵۳۶؟): تفسير ابن‌برجان: تنبيه الأفهام إلي تدبّر الکتاب الحکيم و تعرف الآيات و النبأ العظيم (سه جلد) نسخه‏هاي 865-867.
• محمد بن عبدالملک ديلمي (زنده در ‎۵۸۹): مهمات الواصلين من الصوفيهْْ (نسخه 4/580 و 10/580).
• همو:  الجمع بين التوحيد و التعظيم (11/580).
• همو: المسائل الملمّع بالوقائع البدائع المبرهن بدلائل الشرع (نسخه 12/580).
• همو: مرآهْْ الأرواح (نسخه 2/580 و 2/600).
• همو: إصلاح الأخلاق و مفتاح الأغلاق علي معارج الطالبين و مدارج السالکين (نسخه 3/580).
• همو: غايهْْ الإمکان في درايهْْ المکان (نسخه 8/580).
• همو: عجائب المعارف و بدائع الغرائب (نسخه 9/580).
• همو: منتخب محک النفوس و مرشد المحبوب (نسخه 3/600).
• همو: معرفهْْ التوحيد (نسخه 832).
• محمود بن احمد فاريابي (ف. 607): خالصهْْ الحقائق (نسخه ‏‎۶۸۵).
• مجدالدين بغدادي (ف. 607): إجازه مجدالدين بغدادي به رضي‌الدين علي لالا (نسخه 10/525).
• همو: بيان المحجهْْ (نسخه 25/525).
• همو: مراتب موجودات (نسخه 26/525).
• نجم‏الدين کبري (ف.618؟): إجازه نجم‏الدين الکبري به محمد بن عمر البخاري (نسخه 19/525).
• همو: إجازهْْ نجم‏الدين الکبري لابن هيثم (نسخه20/525).
• همو: إجازهْْ الشيخ نجم‏الدين الکبري لشرف‏الدين زين‏الإسلام محمد بن ... (نسخه 5/525).
• همو: إجازهْْ الشيخ نجم‏الدين الکبري لمحمد بن عبدالله الخرقان (نسخه 6/525).
• همو: إجازهْْ نجم‏الدين الکبري للشيخ علي بن سعيد لالا(نسخه 8/525).
• همو: إجازهْْ نجم‌الدين الكبري لسعد الدين الحموي (نسخه 10/525 و 6/600).
• همو: إجازهْْ نجم‌الدين الكبري لمحمد بن أبي‌بكر البورني (نسخه 7/525).
• همو: نصيحهْْ الخواص (15/525).
• همو: وصيت نجم‌الدين كبري به شيخ زنكي بن علي بن حسين جويني (نسخه 13/525 و 14/525).
• همو: [نه پرسش از نجم‏الدين کبري و پاسخ آنها] (نسخه 16/525).
• همو: نسبهْْ خرقهْْ سيف‌الدين الباخرزي (نسخه 7/600).
• ابن‏قدامه (ف. 620): إثبات صفهْْ العلو لله الواحد القهار (نسخه ‏‎۷۵۰).
• ابن‏عربي (ف. 638): أسرار تکبيرات الصلاهْْ (14/510).
• همو: نتايج الأذکار في المقرَّبين و الأبرار (نسخه 4/510).
• همو: فضل شهادهْْ التوحيد و وصف توحيد الموقنين (نسخه 1/530).
• همو: جواب سؤال ابن‏سودکين عن أعلي المراتب و الأحوال (نسخه 13/510).
• رضي‏الدين علي لا لا (ف. 642؟): طريق السلوک (نسخه 27/525).
• همو: الآيات و الأحاديث الدالهْْ علي الذکر (28/525).
• ابن‏سودکين نوري (ف. 646): النص الإدريسي (نسخه 24/510).
• همو: شرح مشاهد الأسرار القدسيهْْ و مطالع الأنوار الإلهيّهْْ (نسخه 550).
• سعدالدين حمويه (ف. 560): رسالهْْ في ظهور خاتم الولايهْْ (نسخه 3/715).
• همو: کشف الغطاء و رفع الحجاب (نسخه 2/715).
• همو: کشف المحجوب (نسخه 2/870).
• اثيرالدين ابهري (ف. 660؟): زبدهْْ الأسرار (نسخه‏‎۸۳۰).
• صدرالدين قونوي (ف. 673): زبدهْْ التحقيق و نزههْْ التوفيق في شرح النصوص في تحقيق الطور المخصوص (نسخه 3/555).
• علاءالدوله سمناني (ف. 736): فصول الأصول (نسخه 1/575).
• عبدالله بخاري (زنده در 736): مشارق النصوص عن غوامض الفصوص (نسخه 621).
• محمد بن محمد ورادي (ف. قرن8): شرح الفصوص لابن العربي (نسخه705).
• عبدالله بن خليل بسطامي (ف. 794): رسالهْْ الإحسان في بيان فضيلهْْ شعب الإيمان (نسخه 1/870).
• جمال‏الدين خلوتي (ف. قبل از 801): مرشد السالکين (نسخه 1/885).
• همو، منقذ الهالکين (نسخه 2/885).
• قطب‌الدين (ف. 885): فتح مفتاح الغيب (نسخه 840).
• بايزيد خلخالي (ف. قرن 9): خلاصهْْ العقايد (نسخه 5/635).
• محمد بن عمر باج مال کندي (تولد 964): الکفايهْْ الوفيهْْ في إيضاح بعض کلمات الصوفيهْْ (خطي ‏‎۸۷۹).
• عبدالمحسن بن سليمان کوراني (ف. 1040): جامع الأسرار (دو جلد) (نسخه‏هاي ‏‎۸۳۵ و 836).
• محمد بن محمد تافلاني (ف. 1191): الفتح الصديقي في توجيه کلام الشيخ الأکبر (نسخه 701).

2. نسخ نادر از نظر خاص بودن موضوع

• إزهاق الباطل في ردّ شبه الفرقهْْ الوهابيهْْ: تأليف امام الحرمين محمد بن عبدالوهاب همداني (ف. 1303) مکتوب به دست محمد نجف‌آبادي در محرم ‎۱۲۸۳‎. مؤلف به برخي نوشته‏هاي محمد بن عبدالوهاب در دفاع از وهابيت دست يافته و در مقام پاسخ به آنها برآمده است (نسخه 947).

3. نسخ نادر از نظر کتابت به دست مؤلّف

• محيي‏الدين ابن‏عربي (ف. 638): الباء، کتابت در بيت‏المقدس در ‎۶۰۲‎ (نسخه 2/530).
• همو: تاج التراجم، کتابت در نوزدهم شوال‎۶۱۷‎ (نسخه 4/530).
• همو: الجلالهْْ، کتابت در سيزدهم صفر‎۶۰۵‎ (نسخه ‏7/530).
• همو: شواهد الحق في القلب، کتابت در قرن هفتم (نسخه ‎5/530).
• همو: جواب سؤال ابن‏سودکين عن أعلي المراتب و الأحوال، کتابت در قرن ‎هفتم‎ (نسخه ‏‎6/530).
• همو: الأزل، کتابت در قرن هفتم (نسخه ‏‎8/530).
• هبهْْ‌الله بن احمد طرازي (ف. 733): التبصرهْْ في أصول الدين علي مذهب الإمام أبي‌حنيفهْْ، کتابت چهارشنبه دوم ربيع‌الاول‎۷۲۰‎ (نسخه 995).
• محمد بن احمد بسطامي (ف. 807)، تذکرهْْ المريد لطلب المزيد، کتابت در حلب در پنجشنبه پانزدهم رجب‎۷۹۷ (نسخه 913).
• علي بن محمد طوسي (ف. 887؟)، شرح مطالع الأنوار، کتابت در قرن ‎نهم‎ (نسخه 990).
• شيخ مکّي(ف. قرن 9): ناصحهْْ الهائمين و فاتحهْْ الحائمين، تأليف و کتابت در هفتم جمادي‌الاول ‎۸۵۶‎ (نسخه ‎۹۰۰).
• علي بن سلطان محمد قاري هروي (ف. 1014): جمع الوسائل في شرح الشمائل النبي…، کتابت در نيمه شعبان ‎۱۰۰۸‎ (نسخه 962).
• محمد بن علي اصغر نوري (ف. قرن 13)، تنزيه الحجج عن دنس العبث، کتابت در جمادي‌الاول ‎۱۲۴۶‎(نسخه ‏‎۸۴۷).
• محمد بن فرج‌الله قاضي دزفولي (ف. قرن 13): مائهْْ حديث، کتابت در ‎۱۲۷۳‎ (نسخه 804).
• محمدکاظم عصّار (1226-1315ش): مواهب الرضويهْْ في دفع الشبهات المقولهْْ و المنويهْْ، کتابت در 1308ش (نسخه 828).

4.  نسخ خاص از نظر کتابت به دست مشاهير علوم عقلي

• نسخه 705: شرح الفصوص لابن العربي: شارح محمد بن محمد ورادي (ف. ‎۸)
  و کاتب ـ به گفته عثمان يحيي در مؤلفات ابن‏عربي (ص‎۴۸۲) ـ همان عبدالله بوسنوي (992-1054) يکي از شارحان فصوص ابن‏عربي است که اين شرح را در آخر ربيع‌الاول ‎۱۰۰۰‎ استنساخ کرده است. البته پذيرش سخن عثمان يحيي قدري دشوار مي‏نمايد؛ زيرا مطابق اين اعتقاد بايد گفت بوسنوي در ‎هشت سالگي اين نسخه را کتابت کرده است، مگر آنكه بتوان در سال تولد بوسنوي مناقشه كرد.

5. نسخ خاص از نظر تاريخ کتابت

• الإيمان و معالمه و سننه و استکماله و درجاته، تأليف ابوعبيد قاسم بن سلام (154؟-224؟) مکتوب در 488 (نسخه 711).
• شرح الإرشاد، تأليف سليمان بن ناصر انصاري (512)، مکتوب در دهه آخر شعبان 517 (نسخه 1000).
• المصابيح في تفسير القرآن العظيم، نوشته حسين بن علي وزير مغربي (ف. 418) مکتوب در قرن ششم (نسخه 898).
• دلائل النبوهْْ (الجزء السادس من ...) ،تأليف ابونعيم احمد بن عبدالله (336-430) مکتوب به دست عزّ بن فضائل در هفتم محرم 600 (نسخه 887).
• کرامات الأولياء، تأليف هبهْْ‌الله بن حسن لالکائي (‎۴۱۸) مکتوب در رمضان 622 (نسخه 2/859).
• شرح الإشارات و التنبيهات، نوشته خواجه نصيرالدين طوسي (597-672) مکتوب به‌دست احمد بن محمد سمرقندي در شهر مراغه در اواسط جمادي‏الاول 661 (نسخه 880).
• مونس العشاق، نوشته شيخ اشراق يحيي بن حبش سهروردي (ف. 622)
  مکتوب به‌دست مبارک بن اصيل قرطاسي در بيست و نهم ذيحجه 686 (نسخه 1/730).
• تحصيل السعادهْْ، نوشته ابن‏سينا (370-428)، مکتوب در 733 (نسخه 939).
• الأجوبهْْ عن الأسئلهْْ الفاخرهْْ رداً علي الملهْْ الکافرهْْ، نوشته احمد بن ادريس قرافي (626-684) مکتوب به دست خليل بن علي در صفر 737 (نسخه 937).
• التسديد في شرح التمهيد لقواعد التوحيد يا شرح حسين بن علي صغناقي (ف. 710) بر التمهيد لقواعد التوحيد، ميمون بن محمد نسفي (ف. 508) مکتوب به‌دست الياس بن يعقوب در اواخر ذيقعده ‎۷۴۴‎ (نسخه‏‎۹۵۰).
• شرح الموجز و شرح المقدمهْْ في المنطق، نوشته علي بن محمد بندي (ف. قرن 7) مکتوب در چهاردهم ذيقعده 744 (نسخه 932).
• شرح حکمهْْ الإشراق، نوشته قطب‌الدين محمود بن مسعود شيرازي (634-710) مکتوب در دهم ربيع‏الاول 787 (نسخه 1/980).