در اين فهرست، پانصد نسخه ( 1012 رساله از رساله‏هاي علوم عقلي اسلامي) معرفي شده است، كه اين تصاوير از حدود هفتاد مرکز نگهداري نسخ خطي داخل و خارج از کشور تهيه شده است. اين کتاب افزون بر ويژگي‌هاي ساختاري که در جلد نخست بدان اشاره شد، ويژگي‏هاي ممتاز و ارزشمند ديگري (از نظر محتوا) نيز دارد که در ادامه بدانها اشاره مي‏کنيم:

نسخه‌هاي نادر از نظر مؤلّف و ناموجود بودن در ايران

1. ابن ابي‌دنيا، عبدالله بن محمد (‎۲۰۸-281): حسن الظن بالله عزّ وجلّ ( نسخه 1058).
2. محمد بن عبدالله ابن ابي‌زمنين (‎۳۲۴-399): أصول السنهْْ (نسخه 1229)
3. بيهقي، احمد بن حسين(384-458): إثبات القدر (نسخه ‎۱۰۳۶)
4. ابن‌برجان، عبدالسلام بن عبدالرحمان (ف. ‎۵۳۶؟): تفسير ابن‌برجان: تنبيه
5. الأفهام إلي تدبّر الکتاب الحکيم و تعرف الآيات و النبأ العظيم (نسخه هاي 1087 و 1381)
6. سيف‏الدين علي بن محمد آمدي (551-631): دقايق الحقايق (نسخه 1211)
7. همو:  کشف التمويهات فی شرح التنبيهات (نسخه 1251)
8. عضدالدين عبدالرحمان بن احمد ايجی ( 756): تحقيق التفسير فی تکثير التنوير (نسخه 1469)
9. عبدالحميد بن عبدالرحمان آنقروی (زنده در 763): منيهْْ الواعظين و غنيهْْ المتعظين (نسخه 1/1250)
10.  ابن‌خطيب، محمد بن عبدالله (713-776): روضهْْ التعريف بالحب الشريف (نسخه 1010)
11. شيخ عبدالله الهي (ف. 896): مسلک الطالبين ( نسخه 2/1140)

نسخه‌هاي خاص از نظر کتابت به دست مؤلّف

1. محمدجان تبريزي (زنده در 909):  المطالب العليهْْ (نسخه‏ 1/1376 مکتوب در ربيع‏الاول 909)
2. زين‏العابدين محمد بن محمد غمری (قرن 10): تنزيه الکون عن اعتقاد إسلام فرعون (نسخه 1040 مکتوب در قرن 10)
3. محمد يوسف اولياء (قرن 11): حاشيهْْ الشفاء (نسخه 1099 مکتوب در قرن 11)
4. محمود بن عبدالله آلوسي (1802-1854م): صبّ العذاب علي من سبّ الأصحاب (نسخه 1170 مکتوب در 1204)
5. محمد حسين قزويني: مجمع الکنوز في شرح حاشيهْْ ملاعبدالله (نسخه 1473 مکتوب در چهاردهم شوال 1241)
6. محمد باقر بن محمد علي علوي سبزواري:  الشهاب المبين في الرد علي إمام المشککين ( نسخه 1355 مکتوب در 1306)

 نسخه‌هاي خاص از نظر تاريخ کتابت

1. إثبات القدر: بيهقي، احمد بن حسين (384-458)، مکتوب در چهاردهم صفر 566 به خط مسعود بن ابي‏سعيد دبيلي (نسخه ‎۱۰۳۶)
2. نهايهْْ العقول: فخر رازي (544-606)، مکتوب در دهم شعبان 595 (نسخه1254)
3. العثمانيهْْ: عمرو بن عثمان جاحظ (150-255)، مکتوب در قرن 6 (نسخه 1029)
4. اخلاق ناصري: نصيرالدين محمد بن حسن طوسي (597-672)، مکتوب در دوازدهم صفر 666 به خط ابوجعفر علي بن محمد بن احمد مؤذن (نسخه 1307)
5. مصباح العلوم في معرفهْْ الله تعالي: احمد بن حسن رصاص (ف.621)، مکتوب در 673 (نسخه 2/1119)
6. زهرهْْ الرياض و نزههْْ القلوب المراض: سليمان بن داود سقسيني (ف. قرن6)، مکتوب در قرن 7 (نسخه 1142)
7. العلم و العمل: ابن‏کمونه (ف. 683) مکتوب در اواخر قرن 7 (نسخه 1428ق)
8. الأصول العشرهْْ: نجم الدين کبري (ف. 618)، مکتوب در دوازدهم شعبان 700 (نسخه 1154)
9. النفائس في هدم أدلّهْْ الکنائس: ابن‏رافعهْْ، احمد بن محمد (ف.710)، مکتوب پيش از 710 (نسخه 1172)
10. الرموز و الأمثال اللاهوتيهْْ في الأنوار المجرّدهْْ الملکوتيهْْ: محمد بن محمود شهرزوري (ف. قرن7)، مکتوب در 711 به خط محمد سلامي (نسخه 1228)
11. القواعد الجليهْْ في شرح الرسالهْْ الشمسيهْْ: علامه حلي (648-726)، مکتوب در دوشنبه آخر جمادي‏الاول718 به خط شمس الدين محمد شاه حسين (نسخه 2/1468)
12. کشف التموبهات فی شرح التنبيهات، سيف‏الدين علي بن محمد آمدي (551-631) مکتوب به خط علی بن جمعه بن ابی‏الحسن بن حسان در شام جمعه نهم جمادی‏الاول 719 (نسخه 1251)
13. الأنوار في کشف الأسرار: روزبهان بقلي شيرازي (522؟-606؟)، مکتوب در آخر محرم 789 (نسخه 1/1417)
14. مصباح الهدايهْْ و مفتاح الکفايهْْ، عزّالدين محمود بن علي کاشاني (665-735)، مکتوب در غره ربيع‏الثاني 789 (نسخه 2/1266)