در این فهرست، پانصد نسخه ( 1012 رساله از رساله‏های علوم عقلی اسلامی) معرفی شده است، كه این تصاویر از حدود هفتاد مرکز نگهداری نسخ خطی داخل و خارج از کشور تهیه شده است. این کتاب افزون بر ویژگی‌های ساختاری که در جلد نخست بدان اشاره شد، ویژگی‏های ممتاز و ارزشمند دیگری (از نظر محتوا) نیز دارد که در ادامه بدانها اشاره می‏کنیم:

نسخه‌های نادر از نظر مؤلّف و ناموجود بودن در ایران

1. ابن ابی‌دنیا، عبدالله بن محمد (‎۲۰۸-281): حسن الظن بالله عزّ وجلّ ( نسخه 1058).
2. محمد بن عبدالله ابن ابی‌زمنین (‎۳۲۴-399): أصول السنهْْ (نسخه 1229)
3. بیهقی، احمد بن حسین(384-458): إثبات القدر (نسخه ‎۱۰۳۶)
4. ابن‌برجان، عبدالسلام بن عبدالرحمان (ف. ‎۵۳۶؟): تفسیر ابن‌برجان: تنبیه
5. الأفهام إلی تدبّر الکتاب الحکیم و تعرف الآیات و النبأ العظیم (نسخه های 1087 و 1381)
6. سیف‏الدین علی بن محمد آمدی (551-631): دقایق الحقایق (نسخه 1211)
7. همو:  کشف التمویهات فی شرح التنبیهات (نسخه 1251)
8. عضدالدین عبدالرحمان بن احمد ایجی ( 756): تحقیق التفسیر فی تکثیر التنویر (نسخه 1469)
9. عبدالحمید بن عبدالرحمان آنقروی (زنده در 763): منیهْْ الواعظین و غنیهْْ المتعظین (نسخه 1/1250)
10.  ابن‌خطیب، محمد بن عبدالله (713-776): روضهْْ التعریف بالحب الشریف (نسخه 1010)
11. شیخ عبدالله الهی (ف. 896): مسلک الطالبین ( نسخه 2/1140)

نسخه‌های خاص از نظر کتابت به دست مؤلّف

1. محمدجان تبریزی (زنده در 909):  المطالب العلیهْْ (نسخه‏ 1/1376 مکتوب در ربیع‏الاول 909)
2. زین‏العابدین محمد بن محمد غمری (قرن 10): تنزیه الکون عن اعتقاد إسلام فرعون (نسخه 1040 مکتوب در قرن 10)
3. محمد یوسف اولیاء (قرن 11): حاشیهْْ الشفاء (نسخه 1099 مکتوب در قرن 11)
4. محمود بن عبدالله آلوسی (1802-1854م): صبّ العذاب علی من سبّ الأصحاب (نسخه 1170 مکتوب در 1204)
5. محمد حسین قزوینی: مجمع الکنوز فی شرح حاشیهْْ ملاعبدالله (نسخه 1473 مکتوب در چهاردهم شوال 1241)
6. محمد باقر بن محمد علی علوی سبزواری:  الشهاب المبین فی الرد علی إمام المشککین ( نسخه 1355 مکتوب در 1306)

 نسخه‌های خاص از نظر تاریخ کتابت

1. إثبات القدر: بیهقی، احمد بن حسین (384-458)، مکتوب در چهاردهم صفر 566 به خط مسعود بن ابی‏سعید دبیلی (نسخه ‎۱۰۳۶)
2. نهایهْْ العقول: فخر رازی (544-606)، مکتوب در دهم شعبان 595 (نسخه1254)
3. العثمانیهْْ: عمرو بن عثمان جاحظ (150-255)، مکتوب در قرن 6 (نسخه 1029)
4. اخلاق ناصری: نصیرالدین محمد بن حسن طوسی (597-672)، مکتوب در دوازدهم صفر 666 به خط ابوجعفر علی بن محمد بن احمد مؤذن (نسخه 1307)
5. مصباح العلوم فی معرفهْْ الله تعالی: احمد بن حسن رصاص (ف.621)، مکتوب در 673 (نسخه 2/1119)
6. زهرهْْ الریاض و نزههْْ القلوب المراض: سلیمان بن داود سقسینی (ف. قرن6)، مکتوب در قرن 7 (نسخه 1142)
7. العلم و العمل: ابن‏کمونه (ف. 683) مکتوب در اواخر قرن 7 (نسخه 1428ق)
8. الأصول العشرهْْ: نجم الدین کبری (ف. 618)، مکتوب در دوازدهم شعبان 700 (نسخه 1154)
9. النفائس فی هدم أدلّهْْ الکنائس: ابن‏رافعهْْ، احمد بن محمد (ف.710)، مکتوب پیش از 710 (نسخه 1172)
10. الرموز و الأمثال اللاهوتیهْْ فی الأنوار المجرّدهْْ الملکوتیهْْ: محمد بن محمود شهرزوری (ف. قرن7)، مکتوب در 711 به خط محمد سلامی (نسخه 1228)
11. القواعد الجلیهْْ فی شرح الرسالهْْ الشمسیهْْ: علامه حلی (648-726)، مکتوب در دوشنبه آخر جمادی‏الاول718 به خط شمس الدین محمد شاه حسین (نسخه 2/1468)
12. کشف التموبهات فی شرح التنبیهات، سیف‏الدین علی بن محمد آمدی (551-631) مکتوب به خط علی بن جمعه بن ابی‏الحسن بن حسان در شام جمعه نهم جمادی‏الاول 719 (نسخه 1251)
13. الأنوار فی کشف الأسرار: روزبهان بقلی شیرازی (522؟-606؟)، مکتوب در آخر محرم 789 (نسخه 1/1417)
14. مصباح الهدایهْْ و مفتاح الکفایهْْ، عزّالدین محمود بن علی کاشانی (665-735)، مکتوب در غره ربیع‏الثانی 789 (نسخه 2/1266)