یکی از مهمترین کارهای تحقیقی در مرکز پژوهشی دائره‌المعارف تدوین اصطلاح‌نامه علوم عقلی و تعیین مدخل‌های دائره‌المعارف و فرهنگ‌نامه آن است.

شورای علمی هر رشته که از اساتید و متخصصان آن علم تشکیل شده‌اند عهده‌دار این فعالیت تحقیقی هستند.

از آنجا که گستردگی و پیچیدگی اصطلاحات عرفان نظری سرعت دست‌یابی به نتیجه را با مشکل مواجه نموده است، مرکز تصمیم گرفت  علاوه بر شورای علمی اول عرفان نظری، شورای دیگری با حضور برخی از اساتید و محققان عرفان تشکیل داده تا دست‌یابی به نتیجه با سرعت بیشتری صورت گیرد.

جلسات این شورا با حضور اعضای آن آقایان:علی امینی نژاد، مهدی بابایی، رسول باقریان، علیرضا کرمانی و محمد میری از روز پنج‌شنبه 14 مهر ماه 1390 آغاز گردید