در راستای تدوین مقالات مطلوب، افزون بر فعالیتهای بنیادی و مقدماتی که تاکنون برای دستیابی به مقالات انجام شده است و هر كدام شیوهنامه خود را دارد، تدوین ضوابط و تنظیم شیوهنامههای مختلفی كه مستقیماً در تدوین مقالات و تنظیم دائرةالمعارف مؤثر بلكه ضروریاند، در دستور کار این مرکز قرار گرفت و حاصل این تلاش تاکنون، تدوین و نهاییسازی چند شیوهنامه و آییننامه بوده است كه عبارتند از:
1. شیوهنامه كتابشناسی اجمالی (ثبت مشخصات نشر و...)؛
2. شیوهنامه استخراج موضوعات برای کتابشناسی تفصیلی؛
3. شیوهنامه شناسایی آثار مشاهیر علوم عقلی اسلامی؛
4. شیوهنامه توصیف منابع علوم عقلی اسلامی (تهیه فهرست تفصلی مطالب برای منابع) و نمایه سازی توصیفها؛
5. شیوهنامه چكیدهنویسی منابع علوم عقلی اسلامی و نمایهسازی چکیدهها؛
6. شیوهنامه نمایه بر متن؛
7. شیوهنامه تعیین کلیدواژه؛
8. شیوهنامه تهیه فهرست و فهرستواره نسخههای عکسی؛
9. شیوه نامه تهیه اصطلاح نامه های علوم عقلی اسلامی؛
10. شیوهنامه اصطلاحیابی و تهیه اصطلاح نامههای عرفان ادبی؛
11. شیوهنامه مدخلگزینی اصطلاحات علوم عقلی اسلامی؛
12. شیوهنامه مدخلگزینی اعلام علوم عقلی اسلامی؛
13. شیوهنامه فرقهیابی و مدخلشناسی فرق كلامی؛
14. شیوهنامه منبعگزینی مقالات فرهنگنامههای علوم عقلی اسلامی؛
15. شیوهنامه تهیه پرونده علمی؛
16. شیوهنامه تدوین مقالات دائرةالمعارفهای تخصصی اصطلاحات علوم عقلی اسلامی؛
17. شیوهنامه ویرایش فنی و صوری؛
18. شیوهنامه ویرایش نگارشی؛
19. شیوهنامه تنظیم ارجاعات و فهرست منابع مقالات؛
20. آییننامه گردشکار مقالهنویسی؛
21. آییننامههای ارزیابی مقالات.
اولا: زمینه استفاده از این نوع تحقیق یا تتبّع را در سایر رشتههای تخصصی و سایر مراكز تحقیقاتی فراهم میآورد؛
ثانیاً: این شیوهنامهها یكنواخت بودن و مطابق بودن همه تحقیقات پژوهشگران را با معیارهای پیشنهادی و در نتیجه هماهنگ بودن آنها را با اهداف پیشبینی شده تضمین میكند.
این شیوهنامهها دو دستهاند برخی از آنها برای تحقیقاتی است كه پیش از این در سایر مراكز وجود داشته اما شیوهنامهای مدون نداشتهاند و در این مركز در شیوه آنها تغییراتی قابل توجه صورت گرفته است و برخی دیگر شیوهنامهای برای تحقیقات اِبداعی خود این مركز است.
پیشنویس این شیوهنامهها با مراجعه به معتبرترین منابع و با استفاده از آخرین دستاوردهای موجود در هر یک از آنها تهیه گردید و این پیشنویسها در جلسات متعددی با حضور کارشناسان بررسی و تصویب و غالب آنها به تأیید شورای عالی مرکز رسیده است و بعضی از مهمترین آنها در حال تنظیم و آمادهسازی برای عرضه عمومی است. «شیوه نامه تولید فنی کتاب» نیز از نیازهای ضروری برای تعریف نظام کتاب سازی دائرةالمعارفهاست، تدوین این شیوه نامه نیز در دستور کار قرار دارد.