پرونده علمی مجموعه‌ای است مشتمل بر متون انتخاب شده از منابع مهم به همراه مشخصات کتاب‌شناختی آن که درباره هر یک از مدخل‌های دائرةالمعارفی براساس ضوابط مندرج در شیوه‌نامه پرونده‌های علمی تهیه شده است.

ب) اهمیت و ضرورت پرونده علمی

از آنجا که مقالات دائرةالمعارف باید از جامعیت و دقت خاصی برخوردار باشند و این امر بدون دسترسی به منابع امکان‌پذیر نیست و در بیشتر موارد فرصت و امکانات لازم برای دستیابی به منابع فراوان و اطلاعات کافی در زمینه مدخل‌های دائرةالمعارف وجود ندارد، فراهم آوردن مجموعه‌ای مشتمل بر عناوین منابع مهم، نشانی درج مطالب و متن منابع متون مربوط به هر مدخل، برای غنی‌سازی مقالات امری ضروری می‌نماید که تأمین این نیاز به وسیله تهیه پرونده ‌علمی ممکن است.

ج) فواید پرونده علمی

تهیه پرونده‌های علمی برای تدوین مقالات دائرةالمعارف و فرهنگ‌نامه‌ها، بلکه برای هر نوع پژوهشی فواید بسیاری را در بر دارد که برخی از آنها عبارتند از:

1. برخوردار شدن پژوهش از قوت، دقت و جامعیت، به دلیل امکان دسترسی به منابع فراوان از طریق پرونده علمی.

2. صرفه‌جویی در هزینه و وقت پژوهشگران و ارزیابان به دلیل دسترسی آنها به اطلاعات آماده و منظم.

3. امکان هماهنگ‌سازی مقالات مختلف دائرةالمعارف و فرهنگ‌نامه‌ها با یکدیگر از طریق اطلاعات موجود در پرونده‌های علمی.

4. امکان ارزیابی دقیق مقالات با استفاده از پرونده‌‌ها.

د) نسخه برتر

یکی از امتیازات پرونده‌های علمی این است که متن‌های آن از نسخه‌هایی انتخاب شده‌اند که کارشناسان مرکز آن را به لحاظ اعتبار و بی‌غلط بودن (یا کم غلط بودن) تائید کرده‌اند و محقق می‌تواند با اطمینان به نسخه به آن ارجاع دهد.

هـ) شیوه مراجعه به منابع

پرونده‌های علمی تهیه شده در مرکز از حیث مراجعه به منابع دو دسته‌اند:

1. در برخی از رشته‌ها محقق پرونده علمی برای دستیابی به مطالب مربوط به مدخل و ضمایم آن، به همه منابع رشته مورد نظر که توسط شورای علمی رشته مربوطه بررسی و تصویب شده‌اند، مراجعه کرده است.

2. در برخی دیگر از رشته‌ها محققان پرونده علمی با استفاده از اطلاعات قبلی خود یا مراجعه به مقالات و کتاب‌های نگاشته شده در موضوع مورد نظر و یا مشاوره با کارشناسان، ‌منابعی را که ارتباط مستقیم با مدخل داشته‌اند را شناسایی و تنها به آنها مراجعه کرده‌اند.

پرونده‌های علمی موجود در این لوح فشرده از دسته اول هستند. 

هر پرونده دارای بخش‌هایی است. برای استفاده از پرونده علمی به توضیحاتی که ذیل هر بخش ارائه می شود، توجه فرمایید:

1. فهرست مطالب مندرج در پرونده: عنوان منابعی که متن انتخاب شده از آن در پرونده مندرج است، با ارجاع به شماره صفحه پرونده، در فهرست آمده است.

2. فهرست موضوعات پرونده: موضوعات اصلی و فرعی مطرح در پرونده در این فهرست آمده است. این موضوعات برگرفته از مدخل‌های دائرة المعارف است. گفتنی است در برخی پرونده ها چند موضوع اصلی، به دلیل همپوشانی مطالب در یک پرونده آمده است.

3. متون پرونده علمی: تصویر صفحات انتخاب شده از منابع که مشتمل بر مطالب مرتبط با مدخل پرونده علمی است و بدنه اصلی پرونده را تشکیل می‌دهد در این قسمت قرار دارد. ترتیب چینش این متون بر اساس تاریخ حیات مؤلف است.

در ابتدای هر منبع تصویر صفحه عنوان و شناسنامه منبع نیز آمده است. اگر منبع مورد نظر در ضمن کتاب دیگری چاپ شده باشد، علاوه بر صفحه عنوان منبع مورد نظر، صفحه عنوان و شناسنامه کتاب جامع نیز آورده می‌شود. یکی از امتیازات پرونده‌های علمی مرکز دائرة المعارف این است که متن‌های آن تنها، از نسخه‌هایی انتخاب شده‌اند که کارشناسان مرکز، آن را به لحاظ اعتبار و بی‌غلط بودن (یا کم غلط بودن) تایید کرده‌اند و محقق می‌تواند با اطمینان به نسخه به آن ارجاع دهد.

4.منابع و مآخذ: فهرست منابع مندرج در پرونده به همراه اطلاعات کتاب‌شناختی آن در این بخش قرار گرفته است. گفتنی است منابع مورد تحقیق در موضوع این پرونده به این فهرست منحصر نیست، بلکه محققان مرکز دائرةالمعارف به تمامی منابعی که توسط شورای علمی هر گروه علمی تصویب شده و فهرست آن در صفحه نخست این نرم‌افزار آمده است، مراجعه کرده اند.

5. سایر منابع: شامل دو بخش کل منبع و مطالب مرتبط است:

5. 1. کل منبع: در برخی منابع تعداد صفحاتی که به آن ارجاع داده شده، بیش از حد معمول است. در این دسته منابع به دلیل مشکل مالکیت معنوی، امکان نمایش صفحات منبع فراهم نیست. به همین دلیل این منابع در این بخش همراه با اطلاعات کتاب‌شناختی و شماره صفحات مرتبط (در صورت تعیین محدوده صفحات توسط محقق) نمایش داده می‌شود.

5. 2. مطالب مرتبط: این بخش شامل مواردی است که به هدف پربارتر شدن پرونده به کاربران پیشنهاد می‌شود. مطالب مرتبط به دو دسته تقسیم می‌شود:

5. 2. 1. منابعی که جزو فهرست منابع مصوب کارشناسان دائرةالمعارف بوده، ولی به دلیل تکرار مطلب در یک منبع یا در آثار متعدد یک نویسنده یا تکرار مطالب صاحبان آثار پیشین در کتب متأخرین دارای ثمره علمی اندکی است.

5. 2. 2. منابعی که جزو فهرست منابع مصوب کارشناسان مرکز دائرة المعارف نیست. این منابع ممکن است شامل کتب معتبر رشته‌هایی غیر از رشته مورد تحقیق، مقالات، پایان‌نامه‌ها و منابعی باشد که ویژه موضوع پرونده تألیف شده‌اند.

نمی‌توان ادعا کرد که پرونده‌های علمی در هر مدخل، جامع همه مطالب و منابع مربوط به موضوع آن مدخل هستند؛ زیرا:

اولاً: این پرونده‌ها را محققان پرونده‌های علمی تهیه کرده‌اند نه مقاله نویسان هر مدخل؛ بنابراین ممکن است مقاله‌نویسان در هنگام تحقیق بیشتر به مطالب مهم و بیشتری برخورد کنند که در این پرونده نیامده باشد؛

ثانیاً: پرونده‌های علمی با توجه به مدخل‌های اصلی مصوب دائرةالمعارف تشکیل شده‌اند؛ بنابراین چه‌بسا مطلب مناسبی با مدخل، در ضمن پرونده‌ مدخل دیگری که با آن تناسب بیشتری داشته، آمده باشد؛ درنتیجه ملاک جامعیت از نظر مرکز، مدخل‌های مصوب این مرکز است نه سلایق و مصوبات محققان دیگر.

با توجه به نکته اول از استفاده‌کنندگان از پرونده‌های علمی تقاضا داریم اگر به مطالب مهمی مربوط به مدخل پرونده‌ای، برخورد کردند که در پرونده مرکز نیامده باشد آن را به منظور تکمیل پرونده‌های علمی در اختیار مرکز قرار دهند.