الف) نسخ نادر از جهت مؤلف و ناموجود بودن در ایران

1. فلوطین (ف. 270م): رسالة إلی فرفیریوس فی حقیقة نفی الهمّ و الغمّ و إثبات الزهد جواباً إلیه عن سؤال کان سبق إلیه (نسخه 303، مکتوب در قرن هفتم).

2. ابوحنیفه، نعمان بن ثابت (80-150): وصایا أبی‌حنیفة لإبنه حمّاد (نسخه 4/820)

3. عبدالرحمان بن محمد بکری صقلی (ف. 380): الشرح و البیان لما أشکل من کلام سهل بن عبدالله التستری (نسخه 342).

4. عبدالله بن عبدالرحمان؛ ابن‌ابی‌زید (ف. 386؟): واجب أمور الدیانات (نسخه 7/411).

5. ابوالحسن خرقانی (352-425): شجره شیخ ابوالحسن خرقانی (نسخه4/570).

6. ابن‌سینا (ف. 428): الحكمة المشرقیة (نسخه‌های 337 و 81/382).

7. همو: المختصر الأوسط فی المنطق (نسخه383، مکتوب در528).

8. همو: [الحکمة (رسالة فی)] (نسخه 339).

9. همو: المبدء و المعاد (نسخه 78/815).

10. همو: الهدایة فی الحكمة (نسخه 1/985).

11. حسن بن احمد سمرقندی (ف. 491): ذکر ما فی هذه الأمة من الأبدال و إثبات ذکرهم و صفتهم (نسخه 2/323، مکتوب در 585).

12. حسین بن محمد راغب اصفهانی (ف. 502؟): چهار رسالة رسالة فی أنّ فضیلة الإنسان بالعلوم؛ رسالة فی ذکر الواحد الأحد؛ رسالة فی آداب مخالطة الناس؛ رسالة فی مراتب العلوم و الأعمال الدینیة (نسخه 305، مکتوب در قرن هشتم).

13. سلیمان بن ناصر انصاری (ف.512): شرح الإرشاد (نسخه 1000 مکتوب در دهه آخر شعبان 517).

14. ابن برجان، عبدالسلام بن عبدالرحمان (ف. ‎۵۳۶؟): تفسیر ابن‌برجان: تنبیه الأفهام إلی تدبّر الکتاب الحکیم و تعرف الآیات و النبأ العظیم (سه جلد) نسخه‏های 865-867.

15. عمر بن محمد نسفی (ف. 537): شرح الأصول التی اعتمد علیها مسائل کتب السادة الحنفیة (نسخه 2/328).

16. سعدالدین حمویه (ف.560): رسالة فی ظهور خاتم الولایة (نسخه 3/715).

17. همو: کشف الغطاء و رفع الحجاب (نسخه 2/715).

18. همو: کشف المحجوب (نسخه 2/870).

19. شیخ اشراق (ف. 587): الواردات و التقدیسات (نسخه 1/321، مكتوب در اواسط رمضان 652).

20. همو: التقدیسات (نسخه 301، مکتوب در 735).

21. محمد بن عبدالملک دیلمی (زنده در ‎۵۸۹): مهمات الواصلین من الصوفیة (نسخه 4/580 و 10/580).

22. همو: الجمع بین التوحید و التعظیم (11/580).

23. همو:  المسائل الملمّع بالوقائع البدائع المبرهن بدلائل الشرع (نسخه 12/580).

24. همو:  مرآة الأرواح (نسخه 2/580 و 2/ 600 مکتوب در اواخر ربیع الثانی 690).

25. همو:  إصلاح الأخلاق و مفتاح الأغلاق علی معارج الطالبین و مدارج السالکین (نسخه3/580)

26. همو:  غایة الإمکان فی درایة المکان (نسخه 8/580).

27. همو:  عجائب المعارف و بدائع الغرائب (نسخه 9/580).

28. همو:  منتخب محک النفوس و مرشد المحبوب (نسخه 3/600).

29. همو: معرفة التوحید (نسخه 832).

30. قطب‌الدین اصفهبذی (ف. 591): السلوك و الأحوال دون العلوم و الأقوال (نسخه 2/331، مكتوب در 782).

31. محمد بن مسعود مسعودی غزنوی (قرن ششم): المباحث و الشکوکیا تعلیقة علی الإشارات و التنبیهات لإبن‌سینا (نسخه 11/352).

32. عبدالرحمان بن علی حسینی (قرن ششم): شرح الاعتقادات للشیخ الطوسی (نسخه 1/311، مکتوب دریازدهم ربیع الثانی 590).

33. محمود بن احمد فاریابی (ف. 607):  خالصة الحقائق (نسخه ‏‎۶۸۵).

34. مجدالدین  بغدادی (ف. 607): إجازه مجدالدین بغدادی به رضی‌الدین علی لالا (نسخه 10/525).

35. همو: بیان المحجة (نسخه 25/525).

36. همو: مراتب موجودات (نسخه 26/525).

37. نجم‌الدین کبری (ف.618؟): إجازه نجم‌‏الدین الکبری به محمد بن عمر البخاری (نسخه 19/525).

38. همو: إجازة نجم‌‏الدین الکبری لابن هیثم (نسخه20/525).

39. همو: إجازة الشیخ نجم‌‏الدین الکبری لشرف‌‏الدین زین‌‏الإسلام محمد بن ... (نسخه 5/525).

40. همو: اجازة الشیخ نجم‌‏الدین الکبری لمحمد بن عبدالله الخرقان (نسخه 6/525).

41. همو: إجازة نجم‏‌الدین الکبری  للشیخ علی بن سعید لالا(نسخه 8/525).

42. همو: إجازة نجم‌‏الدین الکبری  لسعدالدین الحموی (نسخه 10/525 و 6/600).

43. همو: إجازة نجم‏‌الدین الکبری  لمحمد بن أبی‌بكر البورنی (نسخه 7/525).

44. همو: نصیحة الخواص (15/525).

45. همو: وصیت نجم‌الدین كبری به شیخ زنكی بن علی بن حسین جوینی (نسخه 13/525 و 14/525).

46. همو:  [نه پرسش از نجم‏‌الدین کبری و پاسخ آنها] (نسخه 16/525).

47. همو: نسبة خرقة سیف‌الدین الباخرزی (نسخه 7/600 مکتوب در اواخر 691).

48. ابن قدامه (ف.621): إثبات صفة العلو لله الواحد القهار (نسخه ‏‎۷۵۰).

49. سیف‌الدین علی بن محمد آمدی (ف. 631): کشف التمویهات فی شرح التنبیهات (نسخه 386، مكتوب در 616).

50. ابن عربی، (ف. 638): أسرار تکبیرات الصلاة (14/510).

51. همو: نتایج الأذکار فی المقرَّبین و الأبرار (نسخه 4/510).

52. همو: فضل شهادة التوحید و وصف توحید الموقنین (نسخه 1/530).

53. همو: جواب سؤال ابن‏سودکین عن أعلی المراتب و الأحوال (نسخه 13/510).

54. رضی الدین علی لالا: (ف. 642؟): طریق السلوک (نسخه 27/525).

55. همو: الآیات و الأحادیث الدالة علی الذکر (نسخه28/525).

56. ابن سودکین نوری (ف.646): النص الإدریسی (نسخه24/510)

57. همو: شرح مشاهد الأسرار القدسیة و مطالع الأنوار الإلهیّة (نسخه 550).

58. علی بن بدیع بندهی (ف. 652): رسالة فی دلالة الألفاظ و ما یتعلق بها (نسخه 2/319، مکتوب در اواسط رجب 724).

59. عمر بن احمد دولی (ف. 658): شرح الإرشاد فی علم الخلاف و الجدل لمحمد بن محمد العمیدی (نسخه 316، مكتوب در 624).

60. اثیرالدین ابهری (ف. 660؟): سه رسالة بیان الأسرار، المطالع و زبدة الحقایق (نسخه 376).

61. همو: دو رسالة الفقر و حلیة الفقیر (نسخه 322).

62. همو: زبدة الأسرار (نسخه 830 مکتوب در 14 جمادی الاول 688)

63. فتح بن موسی خضراوی (ف. 663): نظم الأنماط المبدعات من کتاب الإشارات لإبن‌سینا (نسخه 351).

64. صدرالدین محمد بن اسحاق قونوی (ف. 673؟): رسالة فی أمر المهدی (نسخه 40/369).

65. همو: زبدة التحقیق و نزهة التوفیق فی شرح النصوص فی تحقیق الطور المخصوص (نسخه 3/555).

66. احمد بن ابراهیم واسطی (ف. 677): مفتاح طریق الأولیاء و أهل الکمال من العلماء (نسخه 1/314).

67. سراج‌الدین محمود ارموی (ف. 682): الوسائل إلی تحقیق الدلائل (نسخه 1/320).

68. ابن‌کمونه (ف. 683): شرح الأصول و الجمل فی مهمات العلم و العمل (تألیف شده در 27 شعبان 671؛ نسخه 353، مكتوب در رمضان 674 و نسخه 416 مکتوب در 1086).

69. حسن بن حمزه بلاسی شیرازی (قرن هفتم): تحفة العباد فی معرفة المبدء و المعاد (نسخه 5/377؛ مکتوب در چهارم رجب 749).

70. ابراهیم بن سعد نخجوانی (قرن هفتم): نقض قواعد الإشارات و کشف تمویه الشفاء و النجاة (نسخه 354).

71. محمد بن اسعد تستری (ف. 732): الفصول الأشرفیة فی الأصول البرهانیة و الكشفیة (نسخه 350، مکتوب در 710).

72. علاء الدوله سمنانی (ف.736): فصول  الأصول (نسخه 1/575 مکتوب در ربیع الثانی 776).

73. عبدالله بخاری (زنده در 736):  مشارق النصوص عن غوامض الفصوص (نسخه 621 مکتوب در 873).

74. یوسف بن عبدالله کردی کورانی (ف. 768): ریحان القلوب فی التوصل إلی المحبوب (نسخه 7/432؛ مکتوب در 891).

75. همو: بیان أسرار الطالبین (نسخه 14/435).

76. عبدالله بن خلیل بسطامی (ف.794): رسالة الإحسان فی بیان فضیلة شعب الإیمان (نسخه 1/870).

77. محمد بن محمد ورادی (ف. قرن8):  شرح الفصوص لابن العربی (نسخه705).

78. جمال الدین خلوتی (ف. قبل از 801):  مرشد السالکین (نسخه 1/885 مکتوب در شعبان 801)

79. همو:  منقذ الهالکین (نسخه 2/885 مکتوب در دهه اول جمادی الثانی 801).

80. علاءالدین محمد بن محمد بخاری (ف. 841): فاضحة الملحدین و ناصحة الموحدین فی نقض فصوص الحکم (نسخه‌های 2/379 و 391).

81. محمد بن احمد اشمونی (ف. 881): الخلاصة المرضیة فی معرفة سلوک الصوفیة (نسخه 2/432).

82. قطب‌الد ین محمد بن محمد ازنیقی (ف.885):  فتح مفتاح‌الغیب (نسخه های 278، 398، 3/413 و 840)

83. محمد بن صالح ابن‌الکاتب (ف. 855): منتهی المشتهی علی الفصوص (نسخه 2/340).

84. شیخ عبدالله الهی (ف. 896): مواجد الذوق فی شرح مفتاح الغیب (نسخه 430).

85. محمود بن محمد خوافی (قرن نهم): منهاج الطالبین (نسخه 385).

86. علی بن محمد بسطامی معروف به مصنفک (قرن نهم): شرح القصیدة الروحانیة (نسخه 2/374).

87. یحیی بن علی فاسی (قرن نهم): مرآة الناظرین فی شرح منازل السائرین (نسخه 387، مكتوب در 837).

88. بایزید خلخالی (ف. قرن9):  خلاصة العقاید (نسخه 5/635)

89. محمد بن عمر باج مال کندی (تولد: 964): الکفایة الوفیة فی إیضاح بعض کلمات الصوفیة (نسخه ‏‎۸۷۹).

90. عبدالمحسن بن سلیمان کورانی (ف.1040): جامع الأسرار (نسخه های 835 و 836)

91. عبدالله بوسنوی (ف. 1054): تجلیات عرائس النصوص در شرح فصوص الحكم ابن‌عربی (نسخه 336).

92. همو: سه رساله شرح القصیدة العجیبیة فی ترتیب مراتب الوجود، المستوی الأعلی فی المشراب الأحلی فی تفسیر قوله تعالی «و کان عرشه علی الماء» و القصیدة فی ترتیب مراتب الوجود (نسخه 435).

93. شیخ مصطفی قوچ‌زاده (ف. 1072): شرح مفتاح‌الغیب (نسخه 399).

94. عثمان بن فتح‌الله فضلی (ف. 1102): مصباح‌القلب فی شرح مفتاح‌الغیب (نسخه 438).

95. محمد بن محمد تافلاتی (ف. 1191): الفتح الصدیقی فی توجیه کلام الشیخ الأکبر (نسخه 701).

ب) نسخ نادر از جهت خاص بودن موضوع

1. نسخه 322: دو رساله با عناوین الفقر و حلیة الفقیر در تصوف نگاشتة اثیرالدین ابهری (ف. 660؟) که عموماً او را منطق‌دان و حکیم معرفی کرده‌اند و تاکنون اثری از وی در تصوف معرفی نشده است.

2. نسخه 498: دین الله الغالب علی کل منکر مبتدع کاذب نوشته عثمان بن سلیمان جلیلی (ف. 1245) در نقد فراماسونری.

3. إزهاق الباطل فی ردّ شبه الفرقة الوهابیة: تألیف امام الحرمین محمد بن عبدالوهاب همدانی (ف. 1303) مکتوب به دست محمد نجف‌آبادی در محرم ‎۱۲۸۳‎. مؤلف به برخی نوشته‌‏های محمد بن عبدالوهاب در دفاع از وهابیت دست یافته و در مقام پاسخ به آنها برآمده است (نسخه 947).

ج) نسخ نادر از جهت کتابت به دست مؤلف

1. محیی‌‏الدین ابن ‏عربی (ف. 638): الباء، کتابت در بیت‌‏المقدس در ‎۶۰۲‎ (نسخه 2/530).

2. همو: تاج التراجم، کتابت در نوزدهم شوال‎۶۱۷‎ (نسخه 4/530).

3. همو: الجلالة، کتابت در سیزدهم صفر‎۶۰۵‎ (نسخه ‏7/530).

4. همو: شواهد الحق فی القلب، کتابت در قرن هفتم (نسخه ‎5/530).

5. همو: جواب سؤال ابن ‏سودکین عن أعلی المراتب و الأحوال، کتابت در قرن ‎هفتم‎ (نسخه ‏‎6/530).

6. همو: الأزل، کتابت در قرن هفتم (نسخه ‏‎8/530).

7. محمد بن اسعد تستری (قرن هشتم): الفصول الأشرفیة فی الأصول البرهانیة و الكشفیة (نسخه 350، تألیف و كتابت 710).

8. هبة‌الله بن احمد طرازی (ف. 733): التبصرة فی أصول الدین علی مذهب الإمام أبی‌حنیفة، کتابت چهارشنبه دوم ربیع‌الاول‎۷۲۰‎ (نسخه 995).

9. محمد بن احمد بسطامی (ف. 807)، تذکرة المرید لطلب المزید، کتابت در حلب در پنجشنبه پانزدهم رجب‎۷۹۷ (نسخه 913).

10. محمد بن حمزه فناری (ف. 824): مصباح‌الأنس فی شرح مفتاح غیب الجمع و الوجود (نسخه 397).

11. شیخ مکّی(ف. قرن 9): ناصحة الهائمین و فاتحة الحائمین، تألیف و کتابت در هفتم جمادی‌الاول ‎۸۵۶‎ (نسخه ‎۹۰۰).

12. محمد بن محمد قطبی ازنیقی (ف. 885): فتح مفتاح الغیب (حواشی نسخه‌های 398 و 3/413).

13. شیخ عبدالله الهی (ف. 896): مواجد الذوق فی شرح مفتاح الغیب (نسخه 430، مکتوب در ادرمید برای سلطان محمدخان بن مراد خان در 880).

14. علی بن محمد طوسی (ف. 887؟)، شرح مطالع الأنوار، کتابت در قرن ‎نهم‎ (نسخه 990).

15. یوسف بن حسن کرماستی (ف. 906): رسالة فی عقائد الفرقة الناجیة من الفرق الإسلامیة (نسخه 345).

16. علی بن سلطان محمد قاری هروی (ف. 1014): جمع الوسائل فی شرح الشمائل النبی…، کتابت در نیمه شعبان ‎۱۰۰۸‎ (نسخه 962).

17. عثمان بن فتح‌الله فضلی (ف. 1102): مصباح القلب فی شرح مفتاح الغیب (نسخه 438، مکتوب در جمعه سوم جمادی‌الثانی 1097).

18. محمد بن علی اصغر نوری (ف. قرن 13)، تنزیه الحجج عن دنس العبث، کتابت در جمادی‌الاول ‎۱۲۴۶‎(نسخه ‏‎۸۴۷).

19. محمد بن فرج‌الله قاضی دزفولی (ف. قرن 13): مائة حدیث، کتابت در ‎۱۲۷۳‎ (نسخه 804).

20. محمدکاظم عصّار (1226-1315ش): مواهب الرضویة فی دفع الشبهات المقولة و المنویة، کتابت در 1308ش (نسخه 828).

د) نسخ نادر از جهت کتابت به دست مشاهیر علوم عقلی

1. نسخه 376: حاوی رساله‌های مهمی از اثیرالدین ابهری با عناوین بیان الأسرار، المطالع و زبدة الحقایق مكتوب در 627 به دست علی بن عمر كاتبی قزوینی شاگرد ابهری و مؤلف رساله منطقی معروف شمسیه. ابهری در برگ 105 ب ضمن ترقیمه نسخه چنین نوشته است: «قرء علی هذا الکتاب الإمام الفاضل العالم الکامل المتین الأوحد نجم الملة و الدین شرف الإسلام و المسلمین سید الحکماء و المحققین جنب العراق علی بن عمر بن علی القزوینی فرآه جامعة للبحث و الإیقان... و انتهی البحث و القراءة فی أول شهر ذی‌الحجة سنة سبع و عشرین و ستماة. کتبه مؤلف الکتاب المفضل بن عمر بن المفضل الأبهری».

2. نسخه 705: شرح الفصوص لابن العربی: شارح محمد بن محمد ورادی (ف. ‎۸) و کاتب ـ به گفته عثمان یحیی در مؤلفات ابن‏عربی (ص‎۴۸۲) ـ همان عبدالله بوسنوی (992-1054) یکی از شارحان فصوص ابن‏عربی است که این شرح را در آخر ربیع‌الاول ‎۱۰۰۰‎ استنساخ کرده است. البته پذیرش سخن عثمان یحیی قدری دشوار می‏نماید؛ زیرا مطابق این اعتقاد باید گفت بوسنوی در ‎هشت سالگی این نسخه را کتابت کرده است، مگر آنكه بتوان در سال تولد بوسنوی مناقشه كرد.

هـ) نسخ خاص از نظر تاریخ کتابت

1. الإیمان و معالمه و سننه و استکماله و درجاته، تألیف ابوعبید قاسم بن سلام (154؟-224؟) مکتوب در 488 (نسخه 711).

2. شرح الإرشاد، تألیف سلیمان بن ناصر انصاری (512)، مکتوب در دهه آخر شعبان 517 (نسخه 1000).

3. المصابیح فی تفسیر القرآن العظیم، نوشته حسین بن علی وزیر مغربی (ف. 418) مکتوب در قرن ششم (نسخه 898).

4. دلائل النبوة (الجزء السادس من ...)، تألیف ابونعیم احمد بن عبدالله (336-430) مکتوب به دست عزّ بن فضائل در هفتم محرم 600 (نسخه 887).

5. کرامات الأولیاء، تألیف هبة‌الله بن حسن لالکائی (‎۴۱۸) مکتوب در رمضان 622 (نسخه 2/859).

6. شرح الإشارات و التنبیهات، نوشته خواجه نصیرالدین طوسی (597-672) مکتوب به‌دست احمد بن محمد سمرقندی در شهر مراغه در اواسط جمادی‌‏الاول 661 (نسخه 880).

7. مونس العشاق، نوشته شیخ اشراق یحیی بن حبش سهروردی (ف. 622) مکتوب به‌دست مبارک بن اصیل قرطاسی در بیست و نهم ذیحجه 686 (نسخه 1/730).

8. تحصیل السعادة، نوشته ابن‏ سینا (370-428)، مکتوب در 733 (نسخه 939).

9. الأجوبة عن الأسئلة الفاخرة رداً علی الملة الکافرة، نوشته احمد بن ادریس قرافی (626-684) مکتوب به دست خلیل بن علی در صفر 737 (نسخه 937).

10. التسدید فی شرح التمهید لقواعد التوحید یا شرح حسین بن علی صغناقی (ف. 710) بر التمهید لقواعد التوحید، میمون بن محمد نسفی (ف. 508) مکتوب به‌دست الیاس بن یعقوب در اواخر ذیقعده ‎۷۴۴‎ (نسخه‏‎۹۵۰).

11. شرح الموجز و شرح المقدمة فی المنطق، نوشته علی بن محمد بندی (ف. قرن 7) مکتوب در چهاردهم ذیقعده 744 (نسخه 932).

12. شرح حکمة الإشراق، نوشته قطب‌الدین محمود بن مسعود شیرازی (634-710) مکتوب در دهم ربیع‌‏الاول 787 (نسخه 1/980).