منظور از مدخل در دائرة‌المعارف‌هاي تخصصي، اصطلاحي است که در علمي خاص مورد توجه و مراجعه قرار مي‌گيرد و راه ورود و کليد دستيابي به مطالب آن علم است.

با توجه به اصطلاحات و روابط بين آنها (اصطلاح‌نامه‌ها) و تعاريف و جايگاه هر اصطلاح در علوم عقلي، انواع مدخل‌هاي دائرة‌المعارفي در مقام تحقيق و نگارش، در چهار دسته «اصلي، ضمني، مترادف و نمايه» و در مقام عرضه، در سه دسته «اصلي، ارجاعي و نمايه» قرار مي‌گيرند. سپس با توجه به جايگاه هر اصطلاح در آن رشته علمي، انواع مدخل‌هاي دائرةالمعارفي (اصلي، ضمني، مترادف و نمايه) تعيين مي‌شوند.

مدخل اصلي: اصطلاحي است که در دائرة‌المعارف، ذيل آن مقاله‌اي مستقل نوشته مي‌شود.

مدخل ضمني: اصطلاحي است که با وجود اهميت داشتن، مطالب مربوط به آن ضمن مقاله يک مدخل اصلي مورد بحث قرار مي‌گيرد و مقاله مستقلي نخواهد داشت.

مدخل ارجاعي: اصطلاحي است که مطالب مربوط به آن ذيل يک مدخل ديگر (يک مدخل اصلي) مي‌آيد و عنوان آن در بدنه اصلي دائرة‌المعارف، در جايگاه الفبايي خود ذکر مي‌شود و به آن مدخل اصلي ارجاع مي‌شود.

مدخل نمايه: اصطلاحي است مرتبط با يکي از مدخل‌هاي اصلي يا ضمني، که شرايط مدخل‌هاي اصلي، ضمني و ارجاعي را ندارد، اما محل‌مراجعه مخاطبان است و لازم است در مقاله به آن اشاره شود. مدخل‌هاي نمايه بخشي از نمايه‌هاي آخر کتاب را تشکيل مي‌دهند.

اين شيوه مدخل‌يابي که از ابتکارات و امتيازات اين مرکز است، جامعيت و مانعيت مدخل‌ها و دقت در انتخاب آنها را تأمين مي‌نمايد و از هم‌پوشي، تکرار و اشتباهات احتمالي برآمده از اشتراکات لفظي و ترادف‌ها جلوگيري مي‌کند.

مرکز پژوهشي دائرة‌المعارف در راستاي تدوين اصطلاح‌نامه‌هاي علوم عقلي اسلامي با الهام گرفتن از تجربيات ديگر مراکز پژوهشي و بررسي اصطلاح‌نامه‌هاي مختلفي که تا به حال عرضه شده است و با در نظر گرفتن نيازهاي خود در تدوين دائرة‌المعارف‌ و استفاده از نظريات کارشناسان و متخصصان علوم عقلي، اقدام به تهيه طرحي بديع در تدوين و عرضه اصطلاح‌نامه کرده است.

در اين شيوه، نخست اصطلاحات يک علم استخراج شده، روابط ميان آنها (اعم، اخص، مرجح (مشهورتر و برترين مترادف)، نامرجح (مترادف‌هاي ديگر اصطلاح مرجح) و اصطلاحات وابسته) مشخص مي‌شود، نمودار درختي اصطلاحات يک علم ترسيم مي‌گردد، اگر مشترك لفظي باشد اصطلاح مستقل به شمار آيد و اشاره‌اي به معناي آن در پرانتز روبروي آن خواهد شد و مشترك‌هاي لفظي يك علم نيز در اصطلاح‌نامه‌ها استخراج مي‌شوند.

تهيه اصطلاح‌نامه‌هاي علوم عقلي اسلامي در مرکز، اهداف متعددي دارد که از جمله آنها، همارايي نمايه‌ها، گزينش منطقي و دقيق مدخل‌ها، تعيين جايگاه هر مدخل در دائرة‌المعارف و تعيين نسبت حجم مقالات است.

يکي از نکات قابل توجه در مورد دائرة‌المعارف‌هاي علوم عقلي اسلامي اين است که در بسياري از موارد، مدخل‌هاي دائرة‌المعارف‌هاي رشته‌هاي مختلف علوم عقلي با هم مشترک‌اند. مدخل‌هاي مشترک به ويژه ميان رشته‌هاي منطق، معرفت‌شناسي و فلسفه، بسيار زياد است و تعداد مدخل‌هاي مشترک ميان رشته‌هاي فلسفه اخلاق، فلسفه حقوق و فلسفه سياست نيز قابل توجه است. در ساير رشته‌ها نيز كمابيش مدخل‌هاي مشتركي وجود دارد.

از جمله مشکلات اين مدخل‌ها اين است که چه بسا مباحث مقالات آنها نيز مشترک باشد و در بعضي موارد تشخيص اينکه يک مدخل اصالتاً مربوط به کدام رشته است و در کدام رشته، بالتبع مطرح شده است کار آساني نيست.

از اين رو، مرکز براي زمينه‌سازي تفکيک دقيق مدخل‌ها و حيثيت‌هاي مختلف بحث در هر رشته و پيشگيري از کار هم‌عرض و تکراري، به منظور تفکيک مدخل‌ها و تعيين جايگاه دقيق هر موضوع در رشته‌هاي علوم عقلي، آيين‌نامه‌اي به عنوان آيين تعيين وضعيت مدخل‌هاي مشترک تصويب کرده است که براساس آن گروه‌هاي علمي، جايگاه مدخل‌ها در علوم مختلف را مشخص مي‌سازند.