منظور از مدخل در دائرة‌المعارف‌های تخصصی، اصطلاحی است که در علمی خاص مورد توجه و مراجعه قرار می‌گیرد و راه ورود و کلید دستیابی به مطالب آن علم است.

با توجه به اصطلاحات و روابط بین آنها (اصطلاح‌نامه‌ها) و تعاریف و جایگاه هر اصطلاح در علوم عقلی، انواع مدخل‌های دائرة‌المعارفی در مقام تحقیق و نگارش، در چهار دسته «اصلی، ضمنی، مترادف و نمایه» و در مقام عرضه، در سه دسته «اصلی، ارجاعی و نمایه» قرار می‌گیرند. سپس با توجه به جایگاه هر اصطلاح در آن رشته علمی، انواع مدخل‌های دائرةالمعارفی (اصلی، ضمنی، مترادف و نمایه) تعیین می‌شوند.

مدخل اصلی: اصطلاحی است که در دائرة‌المعارف، ذیل آن مقاله‌ای مستقل نوشته می‌شود.

مدخل ضمنی: اصطلاحی است که با وجود اهمیت داشتن، مطالب مربوط به آن ضمن مقاله یک مدخل اصلی مورد بحث قرار می‌گیرد و مقاله مستقلی نخواهد داشت.

مدخل ارجاعی: اصطلاحی است که مطالب مربوط به آن ذیل یک مدخل دیگر (یک مدخل اصلی) می‌آید و عنوان آن در بدنه اصلی دائرة‌المعارف، در جایگاه الفبایی خود ذکر می‌شود و به آن مدخل اصلی ارجاع می‌شود.

مدخل نمایه: اصطلاحی است مرتبط با یکی از مدخل‌های اصلی یا ضمنی، که شرایط مدخل‌های اصلی، ضمنی و ارجاعی را ندارد، اما محل‌مراجعه مخاطبان است و لازم است در مقاله به آن اشاره شود. مدخل‌های نمایه بخشی از نمایه‌های آخر کتاب را تشکیل می‌دهند.

این شیوه مدخل‌یابی که از ابتکارات و امتیازات این مرکز است، جامعیت و مانعیت مدخل‌ها و دقت در انتخاب آنها را تأمین می‌نماید و از هم‌پوشی، تکرار و اشتباهات احتمالی برآمده از اشتراکات لفظی و ترادف‌ها جلوگیری می‌کند.

مرکز پژوهشی دائرة‌المعارف در راستای تدوین اصطلاح‌نامه‌های علوم عقلی اسلامی با الهام گرفتن از تجربیات دیگر مراکز پژوهشی و بررسی اصطلاح‌نامه‌های مختلفی که تا به حال عرضه شده است و با در نظر گرفتن نیازهای خود در تدوین دائرة‌المعارف‌ و استفاده از نظریات کارشناسان و متخصصان علوم عقلی، اقدام به تهیه طرحی بدیع در تدوین و عرضه اصطلاح‌نامه کرده است.

در این شیوه، نخست اصطلاحات یک علم استخراج شده، روابط میان آنها (اعم، اخص، مرجح (مشهورتر و برترین مترادف)، نامرجح (مترادف‌های دیگر اصطلاح مرجح) و اصطلاحات وابسته) مشخص می‌شود، نمودار درختی اصطلاحات یک علم ترسیم می‌گردد، اگر مشترك لفظی باشد اصطلاح مستقل به شمار آید و اشاره‌ای به معنای آن در پرانتز روبروی آن خواهد شد و مشترك‌های لفظی یك علم نیز در اصطلاح‌نامه‌ها استخراج می‌شوند.

تهیه اصطلاح‌نامه‌های علوم عقلی اسلامی در مرکز، اهداف متعددی دارد که از جمله آنها، همارایی نمایه‌ها، گزینش منطقی و دقیق مدخل‌ها، تعیین جایگاه هر مدخل در دائرة‌المعارف و تعیین نسبت حجم مقالات است.

یکی از نکات قابل توجه در مورد دائرة‌المعارف‌های علوم عقلی اسلامی این است که در بسیاری از موارد، مدخل‌های دائرة‌المعارف‌های رشته‌های مختلف علوم عقلی با هم مشترک‌اند. مدخل‌های مشترک به ویژه میان رشته‌های منطق، معرفت‌شناسی و فلسفه، بسیار زیاد است و تعداد مدخل‌های مشترک میان رشته‌های فلسفه اخلاق، فلسفه حقوق و فلسفه سیاست نیز قابل توجه است. در سایر رشته‌ها نیز كمابیش مدخل‌های مشتركی وجود دارد.

از جمله مشکلات این مدخل‌ها این است که چه بسا مباحث مقالات آنها نیز مشترک باشد و در بعضی موارد تشخیص اینکه یک مدخل اصالتاً مربوط به کدام رشته است و در کدام رشته، بالتبع مطرح شده است کار آسانی نیست.

از این رو، مرکز برای زمینه‌سازی تفکیک دقیق مدخل‌ها و حیثیت‌های مختلف بحث در هر رشته و پیشگیری از کار هم‌عرض و تکراری، به منظور تفکیک مدخل‌ها و تعیین جایگاه دقیق هر موضوع در رشته‌های علوم عقلی، آیین‌نامه‌ای به عنوان آیین تعیین وضعیت مدخل‌های مشترک تصویب کرده است که براساس آن گروه‌های علمی، جایگاه مدخل‌ها در علوم مختلف را مشخص می‌سازند.